200X年6月，为了帮忙消除厄瓜多尔的争乱，依据日本国与美国新订定的《日美防卫纲领》，日本海上自卫队的一艘神盾驱逐舰「未来号」（舰号为DDH-182）在副舰长兼船务长（舰务长）角松洋介的带领下从海上自卫队横须贺基地出航，预计於夏威夷与美国海军舰队会合之後前往厄瓜多尔，以海上自卫队与美国海军联合军事演习的名义执行护卫日本侨民的任务。未来号航行第四天，来到了二次大战重地的中途岛，却意外发现回到了过去…。（有的版本称「未来」号为巡洋舰，其实按照英文简称DDG来看，本舰应为直升机驱逐舰，动漫中也强调该舰有击沉核潜艇的能力）
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